前身是1960年4月组建的甘孜州卫生防疫站，2003年疾控体制改革时组建为甘孜藏族自治州疾病预防控制中心。 甘孜州疾病预防控制中心是隶属于甘孜州卫生健康委员会的实施政府公共卫生职能的公共卫生技术指导与管理的副县级公益性一类事业单位，三级乙等疾控机构（正在申评三级甲等疾控机构），依法承担疾病预防控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情报告及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测分析与评价、健康教育与健康促进、技术管理与应用研究指导等公共职能。