前身是1960年4月组建的甘孜州卫生防疫站，2003年疾控体制改革时组建为甘孜藏族自治州疾病预防控制中心。

甘孜州疾病预防控制中心是隶属于甘孜州卫生健康委员会的实施政府公共卫生职能的公共卫生技术指导与管理的副县级公益性一类事业单位，三级乙等疾控机构（正在申评三级甲等疾控机构），依法承担疾病预防控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情报告及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测分析与评价、健康教育与健康促进、技术管理与应用研究指导等公共职能。 

本中心下设办公室、质量管理、传染病与信息管理、鼠疫防治、地方病防治、慢性病防治、计划免疫、卫生监测、卫生检验、健康教育、职业卫生等十科一室，是一个由藏、汉、彝、羌、回、蒙、满等多民族组成的大家族。本中心位于四川省康定市榆林新区情歌东路81号，包虫病科研防治实验基地位于四川省康定市炉城炉城镇炉城南路799号。

本中心已取得省质量技术监督局检验检测实验室资质认定、食品检验机构资质认定、四川省卫生健康委员会职业健康检查机构资质认定及省安监局建设项目职业病危害评价与检测资质。

设有三个国家疾病防治基地、站点，两个省级重点专科实验室暨：中国疾病预防控制中心现场流行病学培训项目(CFETP)培训基地、中国疾病预防控制中心包虫病防治甘孜州工作站、川西高原鼠疫自然疫源性疾病生态及防治联合研究基地，有包虫病、鼠疫2个四川省重点专科实验室。

甘孜州疾控中心与国家、上海、广州、浙江、深圳、苏州、雅安、玉树等疾控中心建立了对口支援、战略合作关系，是鼠疫“五省（区）八州一市一县”、川渝、川西北9地联联盟成员，为疾控工作强化信息沟通，落实联防联控措施形成了良好的人才培训、培养等工作机制。还与四川大学公共卫生学院、成都中医药大学公共卫生学院等高校的支部和院部建立了党支部共创共建、产教融合供需合作，并开展多项科研合作，助推产教人才双向培养。

半个世纪以来，中心认真贯彻“预防为主”的卫生工作方针，在各级党政和卫生行政主管部门正确领导和关心支持下，依法依规履行疾病防控和公共卫生服务职责，努力为群众提供全方位、全周期健康服务。历经疾控人员的艰辛创业，励精图治、锐意改革、求实奋进、开拓创新，创建了康巴疾控事业的光辉业绩，走过了康巴疾控事业从无到有、从小到大并逐步发展壮大的光辉历程。新冠肺炎等新发突发传染病，艾滋病、结核病、鼠疫、包虫病等重大传染病防控成效明显，重点寄生虫病和地方病防控成果持续巩固，慢性病综合防控持续加强，健康教育与促进不断完善，健康危害因素监测与干预持续拓展，为保障群众身体健康和生命安全做出了积极贡献。

展望未来，中心将在州委州政府、州卫生健康委、州疾控局的领导下，继续坚持新时期卫生与健康工作方针，秉持“务实敬业，打造一流疾控队伍； 团结奉献，确保公共卫生安全”理念，改革创新、踔厉奋发、勇毅前行、求真务实，履职尽责，全面推进疾控工作高质量发展，为保障全州公共卫生安全、人民群众健康和经济社会稳定发展作出更大的贡献。